This must be hidden
При поддержке препарата АФАЛАЗА

Всесторонняя геномная характеризация уротелиального рака верхних мочевыводящих путей

23.03.2018
41
0

Актуальность

Уротелиальный рак верхних мочевыводящих путей (УРВМП) может иметь уникальные этиологические и геномные факторы по сравнению с раком мочевого пузыря.

Цель исследования

Охарактеризовать геномный профиль УРВМП и внести ясность в его биологию с использованием всестороннего интегрированного геномного анализа.

Дизайн, условия и участники исследования

Мы собрали 31 необработанный моментально замороженный образец УРВМП из двух центров и выполнили секвенирование целого экзома (WES) ДНК, секвенирование РНК (RNAseq) и белковый анализ.

Определение результатов и статистический анализ

Учитывая влияние лабораторных условий, выявление консенсусных мутаций в независимых каскадах идентифицировало мутации ДНК, кластеры экспрессии генов с использованием бесконтрольного консенсусного иерархического кластеринга (UCHC), и уровни экспрессии белка коррелировались с релевантными клиническими переменными, Атласом ракового генома и другими опубликованными данными.

Результаты и ограничения

WES идентифицировало мутации в FGFR3 (74.1%; 92% низкой градации, 60% высокой градации), KMT2D (44.4%), PIK3CA (25.9%) и TP53 (22.2%). APOBEC и CpG были самыми частыми мутационными сигнатурами. UCHC данных RNAseq разделил образцы на четыре молекулярных подтипа со следующими характеристиками. Кластер 1: нет мутаций PIK3CA, не курят, опухоли высокой градации <pT2, частые рецидивы. Кластер 2: 100% мутаций FGFR3, опухоли низкой градации, употребление табака, неинвазивное заболевание, нет рецидивов в мочевом пузыре. Кластер 3: 100% мутаций FGFR3, 71% PIK3CA, нет мутаций TP53, пять рецидивов в мочевом пузыре, употребление табака, все опухоли <pT2. Кластер 4: мутации KMT2D (62.5%), FGFR3 (50%), TP53 (50%), нет мутаций PIK3CA, заболевание высокой градации pT2+, употребление табака, carcinoma in situ, более короткая выживаемость. Мы идентифицировали новое слияние SH3KBP1-CNTNAP5.

Заключение

Мутации при УРВМП встречаются с частотой, отличающейся от таковой при раке мочевого пузыря, с четырьмя уникальными молекулярными и клиническими подтипами. Обнаруженное нами слияние SH3KBP1 регулирует передачу сигнала RTK. Дальнейшие исследования нужны для валидации описанных подтипов, изучения их ответов на терапию и лучшего описания нового слияния мутаций.

Ключевые слова: уротелиальный рак верхних мочевыводящих путей, геномика, рак мочеточника, рак почечной лоханки.

Comprehensive Genomic Characterization of Upper Tract Urothelial Carcinoma

By: Tyler J. Moss, Yuan Qi, Liu Xi, Bo Peng, Tae-Beom Kim, Nader E. Ezzedine, Maribel E. Mosqueda, Charles C. Guo, Bogdan A. Czerniak, Michael Ittmann, David A. Wheeler, Seth P. Lerner, Surena F. Matin

  • a Department of Bioinformatics and Computational Biology, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX, USA;
  • b Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA;
  • c Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA;
  • d Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan Institute for Personalized Cancer Therapy, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX, USA;
  • e Department of Pathology, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX, USA;
  • f Department of Pathology, Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA;
  • g Scott Department of Urology, Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA;
  • h Department of Urology, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX, USA

European Urology, Volume 72 Issue 4, October 2017, Pages 641–649

Keywords: Upper tract urothelial carcinoma, Genomics, Ureteral cancer, Renal pelvic cancer

Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич

Комментарии

European Urology (Европейская Урология) 2017 Октябрь
European Urology (Европейская Урология) 2017 Октябрь
Выпуски