Сканирование целого генома на плейотропию для стратификации риска при раке предстательной железы

Актуальность

В исследованиях с полногеномным поиском ассоциаций (ИППА) не было идентифицировано мононуклеотидных полиморфизмов (МНП), специфичных для агрессивного рака простаты.

Цель исследования

Проверить, могут ли МПП, ассоциированные с другими признаками, влиять также на риск агрессивного рака предстательной железы.

Дизайн, условия и участники исследования

МНП, участвующие в формировании любого фенотипа кроме рака простаты (p ≤ 10⁻⁷), были идентифицированы в каталоге опубликованных ИППА и тестированы у 2891 пациента с агрессивным раком предстательной железы и у 4592 контрольных пациентов из Когортного консорциума по раку молочной железы и простаты (Breast and Prostate Cancer Cohort Consortium, BPC3). 40 наиболее важных МНП наблюдались в 4872 случаях агрессивного рака предстательной железы и в 24534 контрольных случаях из консорциума Ассоциативной группы по изучению связанных с раком простаты альтераций в геноме (Prostate Cancer Association Group to Investigate Cancer Associated Alterations in the Genome, PRACTICAL).

Определение результатов и статистический анализ

Были вычислены отношения рисков (ОР) и 95%-ные доверительные интервалы (ДИ) для агрессивного рака предстательной железы.

Результаты и ограничения

Всего 4666 МНП было оценено BPC3. Два сигнала были выявлены в регионах, о связи которых с риском рака простаты уже сообщалось. rs7014346 в 8q24.21 был минимально ассоциирован с агрессивным раком предстательной железы в исследовании BPC3 (p = 1.6 × 10^-6), тогда как после мета-анализа в PRACTICAL суммарное ОР составило 1.21 (95% ДИ 1.16–1.27; p = 3.22 × 10⁻¹⁸). rs9900242 в 17q24.3 также был минимально ассоциирован с агрессивным заболеванием в мета-анализе (ОР 0.90, 95% ДИ 0.86–0.94; p = 2.5 × 10⁻⁶). Ни один из этих МНП не оставался статистически значимым после корреляции с уже известными МНП, связанными с раком простаты. Мета-анализ BPC3 и PRACTICAL позволил идентифицировать третий многообещающий сигнал, обозначенный rs16844874 в 2q34, независимый от известных локусов рака простаты (ОР 1.12, 95% ДИ 1.06–1.19; p = 4.67 × 10⁻⁵); было продемонстрировано, что МНП, коррелировавшие с этим сигналом, влияют на концентрации глицина. Главным ограничением исследования была гетерогенность определения агрессивного рака предстательной железы в BPC3 и PRACTICAL.

Заключение

Мы не идентифицировали новых МНП для агрессивного рака простаты. Тем не менее, rs16844874 может дать предварительное генетическое обоснование роли глициновой биохимической цепочки в этиологии рака предстательной железы.

Ключевые слова: агрессивный рак простаты, полногеномный поиск ассоциаций, плейотропия, мононуклеотидный полиморфизм, глицин.

A Genome-wide Pleiotropy Scan for Prostate Cancer Risk

By: Orestis A. Panagiotou a , Ruth C. Travis b , Daniele Campa c , Sonja I. Berndt a , Sara Lindstrom d , Peter Kraft d , Fredrick R. Schumacher e , Afshan Siddiq f , Stefania I. Papatheodorou g , Janet L. Stanford h , Demetrius Albanes a , Jarmo Virtamo i , Stephanie J. Weinstein a , W. Ryan Diver j , Susan M. Gapstur j , Victoria L. Stevens j , Heiner Boeing k , H. Bas Bueno-de-Mesquita l m n o , Aurelio Barricarte Gurrea p q , Rudolf Kaaks r , Kay-Tee Khaw s , Vittorio Krogh t , Kim Overvad u , Elio Riboli l , Dimitrios Trichopoulos d v w x , Edward Giovannucci d x y , Meir Stampfer d , Christopher Haiman e , Brian Henderson e , Loic Le Marchand z , J. Michael Gaziano d y aa , David J. Hunter d x , Stella Koutros a , Meredith Yeager bb , Robert N. Hoover a The PRACTICAL Consortium . Stephen J. Chanock a bb , Sholom Wacholder a , Timothy J. Key b and Konstantinos K. Tsilidis b cc

• a Division of Cancer Epidemiology & Genetics, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA
• b Cancer Epidemiology Unit, Nuffield Department of Clinical Medicine, University of Oxford, Oxford, UK
• c Division of Cancer Epidemiology, German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Germany
• d Department of Epidemiology, Harvard School of Public Health, Harvard University, Boston, MA, USA
• e Department of Preventive Medicine, Keck School of Medicine, University of Southern California, Los Angeles, CA, USA
• f Department of Genomics of Common Disease, School of Public Health, Imperial College London, London, UK
• g Cyprus International Institute for Environmental and Public Health, Cyprus University of Technology, Limassol, Cyprus
• h Division of Public Health Sciences, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA
• i Department of Chronic Disease Prevention, National Institute for Health and Welfare, Helsinki, Finland
• j Epidemiology Research Program, American Cancer Society, Atlanta, GA, USA
• k Department of Epidemiology, German Institute of Human Nutrition Potsdam-Rehbruecke, Nuthetal, Germany
• l Department of Epidemiology and Biostatistics, Imperial College School of Public Health, London, UK
• m Department for Determinants of Chronic Diseases (DCD), National Institute for Public Health and the Environment (RIVM), Bilthoven, Netherlands
• n Department of Gastroenterology and Hepatology, University Medical Centre, Utrecht, Netherlands
• o Department of Social and Preventive Medicine, Faculty of Medicine, University of Malaya, Kuala Lumpur, Malaysia
• p Navarre Public Health Institute, Pamplona, Spain
• q Consortium for Biomedical Research in Epidemiology and Public Health, Madrid, Spain
• r Division of Cancer Epidemiology, German Cancer Research Center, Heidelberg, Germany
• s Clinical Gerontology Unit, Department of Public Health and Primary Care, University of Cambridge, Cambridge, UK
• t Epidemiology and Prevention Unit, Department of Preventive & Predictive Medicine, Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori, Milan, Italy
• u Department of Public Health, Section for Epidemiology, Aarhus University, Aarhus, Denmark
• v Hellenic Health Foundation, Athens, Greece
• w Bureau of Epidemiologic Research, Academy of Athens, Athens, Greece
• x Department of Nutrition, Harvard School of Public Health, Boston, MA, USA
• y Department of Medicine, Harvard Medical School, Boston, MA, USA
• z University of Hawaii Cancer Center, Honolulu, HI, USA
• aa Division of Aging, Brigham and Women's Hospital, Boston, MA, USA
• bb Core Genotyping Facility Frederick National Laboratory for Cancer Research, Gaithersburg, MD, USA
• cc Department of Hygiene and Epidemiology, University of Ioannina, School of Medicine, Ioannina, Greece

European Urology, Volume 67 Issue 4, April 2015, Pages 649-657

Keywords: Aggressive prostate cancer, Genome-wide association study, Pleiotropy, Single-nucleotide polymorphism, Glycine

Автор перевода: Шатылко Тарас Валерьевич